再生障碍性贫血患者在进行造血干细胞移植前，需要将已提取的造血干细胞进行保存。造血干细胞保存分为两大类：非冷冻保存和冷冻保存。冷冻保存是将细胞冷冻保存于零下温度，冷冻过程会造成部分细胞损伤和丢失，但细胞保存时间长，应用方便，是目前主要的保存法。

冷冻保存就是将造血干细胞降温到零下某一温度，当细胞代谢停止后保存于零下温度，该方法安全可靠，并可以长时间保存干细胞。干细胞冷冻保存分为降温、储存、融化回输三个阶段。每个阶段都可能造成细胞的损伤和死亡，故需要注意冷冻保护，运用冷冻液以稳定细胞内外的水分子，在细胞冷冻和融化过程中减轻脱水皱缩和吸水肿胀程度，降低细胞死亡率。

造血干细胞的冷冻保存可以分为程控降温冷冻保存和非程控降温冷冻保存。对程控降温保存的储存时间一般可以认为，干细胞如在降温过程中没有受到损伤，那么只要保持温度足够低，就能够封闭酶的代谢途径，则无论储存多长时间都不会降低细胞存活率。非程控降温冷冻保存一般在零下80℃保存干细胞，目前的资料显示细胞至少可以保存八个月，在此期间进行回输可以使患者重建造血功能。